Un artículo cortito para resolver este problema que me tuvo en vilo media mañana. Tras generar un proyecto Android con Unity 5.6 e incluirle Unity Ads (la plataforma de gestión de anuncios de Unity) el proceso de compilación lanzaba el error “Unable to convert classes into dex format” y no generaba el apk.
Tras revisar unos cuantos foros y artículos la solución fue acceder a la pestaña Services de Unity y pulsar sobre Ads.
A continuación desplegamos el apartado Avanced y desmarcamos la casilla Enable built-in Ads extension. ¡Voila!. Error solucionado.